При пересечении скидок, по умолчанию, к товарам присваивается та скидка , которая выгоднее клиенту, то есть ниже
Важно! Если Вы выставите скидку или наценку, не заполняя поля: "Бренд", "Категории" ,"Товары", то они применятся ко всем товарам в каталоге.